0093 U.C... Финал всего раннего ЮЦ. Пришло время последней схватки между двумя величайшими ньютайпами своего времени - Амуро Реем и Чаром Азнаблем. Став во главе Нео Зеона, Чар решает, что пока существует Земная Федерация и вообще пока люди живут на Земле, предрекаемая его отцом эволюция человечества не произойдёт и он решает сбросить на Землю астероид Axis, чтобы вызвать ядерную зиму и тем самым очистить Землю от людей. Единственный кто может ему помешать это его старый противник Амуро Рей со своим новым Ню Гандамом и бескорыстной верой во всё человечество. Параллельно развивается ещё одна линия - взаимоотношения между двумя подростками, сыном знаменитого капитана Брайта, Хасавеем Ноа и девушкой ньютайпом, Парайей Квесс.